深入淺出統計學 深入淺出資料分析 腦力駭客一百招-基礎篇
前言譯序第一部分 簡介第一章 資訊時代的生物學電腦如何改變生物學?生物資訊只是建立資料庫而已嗎?生物學帶給資訊科學家什麼樣的挑戰?生物資訊學家應該具備什麼技術?為何生物學家需要電腦?如何設定 PC 來進行生物資訊研究?有哪些可用的資訊和軟體?我可以不上課就學會一種程式設計語言嗎?我該如何使用網路的資訊?我如何瞭解序列排比資料?我如何撰寫程式來比對兩個生物序列?我如何從序列資料預測蛋白質結構?生物資訊能夠回答什麼樣的問題?第二章 應用電腦解決生物學的問題分子生物學的中心法則生物學家的模型為何使用生物學者的模型?本書所涵蓋的電腦資訊學方法計算生物學實驗第二部分 生物資訊工作站第三章 建立你的工作站在 Unix 系統上工作設立 Linux 工作站如何使軟體正常運作那些軟體是必需的?第四章 Unix 系統中的檔案與目錄檔案系統的基礎處理目錄與檔案的命令在多人的環境下作業第五章 在 Unix 系統下工作Unix Shell在 Unix 系統上下達命令檢視與編輯檔案轉換與過濾器檔案統計與比較正規表示式的語言Unix Shell Script與其他的電腦溝通在共享的環境中,與其他使用者和平共處第三部分 生物資訊的工具第六章 全球資訊網中的生物研究資源使用搜尋引擎搜尋科學論文公用生物學資料庫搜尋生物資料庫將資料登錄至公共資料庫尋找軟體評斷資訊的品質第七章 序列分析、逐對序列排比、及資料庫搜尋生物分子的化學組成DNA 及 RNA 的組成Wason 和 Crick 解出 DNA 結構DNA 定序方法的發展基因搜尋器(Genefinder)與 DNA 的特徵偵測DNA 轉譯逐對序列比較以序列查詢生物資料庫多功能的序列分析工具第八章 多重序列排比、親緣樹、與 Profile由形態分類到分子序列分析種屬親緣分析 Profile 與 Motif第九章 蛋白質結構的視覺化與結構特性計算關於蛋白質結構資料的幾句話蛋白質化學Web 介面的蛋白質結構工具結構視覺化結構排比結構分析溶劑作用性與交互作用計算理化特性結構最佳化蛋白質資源資料庫整合方案第十章 由序列預測蛋白質的結構與功能決定蛋白質的結構預測蛋白質的結構蛋白質序列的特徵偵測二級結構預測預測立體結構整合方案:蛋白質模型建立計劃第十一章 基因體學與蛋白質體學的研究工具由基因定序到基因體定序序列組合從 Web 上取用基因體資料註解與分析全基因體序列 功能基因體學:新的資料分析挑戰蛋白質體學生化途徑資料庫動力模擬與生理學總結第四部份 資料庫與視覺化第十二章 利用 Perl 進行自動化資料分析為何使用 Perl?Perl 基礎知識 樣式比對以及正規表示式利用 Perl 分析 BLAST 的輸出將 Perl 應用到生物資訊第十三章 建立生物學的資料庫資料庫的類型資料庫軟體SQL 入門安裝MySQL 資料庫管理系統資料庫設計開發與資料庫互動的 Web 式軟體第十四章 視覺化與資料採擷準備數據檢視圖形序列資料的視覺化網路與途徑的視覺化數值資料的處理資料採擷與生物資訊參考書目索引