前言

譯序

第一部分 簡介

第一章 資訊時代的生物學
電腦如何改變生物學？
生物資訊只是建立資料庫而已嗎？
生物學帶給資訊科學家什麼樣的挑戰？
生物資訊學家應該具備什麼技術？
為何生物學家需要電腦？
如何設定 PC 來進行生物資訊研究？
有哪些可用的資訊和軟體？
我可以不上課就學會一種程式設計語言嗎？
我該如何使用網路的資訊？
我如何瞭解序列排比資料？
我如何撰寫程式來比對兩個生物序列？
我如何從序列資料預測蛋白質結構？
生物資訊能夠回答什麼樣的問題？

第二章 應用電腦解決生物學的問題
分子生物學的中心法則
生物學家的模型
為何使用生物學者的模型？
本書所涵蓋的電腦資訊學方法
計算生物學實驗

第二部分 生物資訊工作站

第三章 建立你的工作站
在 Unix 系統上工作
設立 Linux 工作站
如何使軟體正常運作
那些軟體是必需的？

第四章 Unix 系統中的檔案與目錄
檔案系統的基礎
處理目錄與檔案的命令
在多人的環境下作業

第五章 在 Unix 系統下工作
Unix Shell
在 Unix 系統上下達命令
檢視與編輯檔案
轉換與過濾器
檔案統計與比較
正規表示式的語言
Unix Shell Script
與其他的電腦溝通
在共享的環境中，與其他使用者和平共處

第三部分 生物資訊的工具

第六章 全球資訊網中的生物研究資源
使用搜尋引擎
搜尋科學論文
公用生物學資料庫
搜尋生物資料庫
將資料登錄至公共資料庫
尋找軟體
評斷資訊的品質

第七章 序列分析、逐對序列排比、及資料庫搜尋
生物分子的化學組成
DNA 及 RNA 的組成
Wason 和 Crick 解出 DNA 結構
DNA 定序方法的發展
基因搜尋器（Genefinder）與 DNA 的特徵偵測
DNA 轉譯
逐對序列比較
以序列查詢生物資料庫
多功能的序列分析工具

第八章 多重序列排比、親緣樹、與 Profile
由形態分類到分子序列分析
種屬親緣分析
Profile 與 Motif

第九章 蛋白質結構的視覺化與結構特性計算
關於蛋白質結構資料的幾句話
蛋白質化學
Web 介面的蛋白質結構工具
結構視覺化
結構排比
結構分析
溶劑作用性與交互作用
計算理化特性
結構最佳化
蛋白質資源資料庫
整合方案

第十章 由序列預測蛋白質的結構與功能
決定蛋白質的結構
預測蛋白質的結構
蛋白質序列的特徵偵測
二級結構預測
預測立體結構
整合方案：蛋白質模型建立計劃

第十一章 基因體學與蛋白質體學的研究工具
由基因定序到基因體定序
序列組合
從 Web 上取用基因體資料
註解與分析全基因體序列
功能基因體學：新的資料分析挑戰
蛋白質體學
生化途徑資料庫
動力模擬與生理學
總結

第四部份 資料庫與視覺化

第十二章 利用 Perl 進行自動化資料分析
為何使用 Perl？
Perl 基礎知識
樣式比對以及正規表示式
利用 Perl 分析 BLAST 的輸出
將 Perl 應用到生物資訊

第十三章 建立生物學的資料庫
資料庫的類型
資料庫軟體
SQL 入門
安裝MySQL 資料庫管理系統
資料庫設計
開發與資料庫互動的 Web 式軟體

第十四章 視覺化與資料採擷
準備數據
檢視圖形
序列資料的視覺化
網路與途徑的視覺化
數值資料的處理
資料採擷與生物資訊

參考書目

索引